馬鳴山鎮安宮之建立，溯自清康熙元年（西元一六六二年）由馬鳴山居民奉祀之古神「老朱王爺」有一天鑾示曰：「本注西北方草港有天神駕臨應即前往迎接鑾駕回來供奉」村民雖在信疑之下，乃遂派人前往草港觀望，果見浮海隨波而來王船一艘，停靠港灣，船上橫披紅綾一幅墨書：「代天巡狩五年千歲」字樣，船中有三尊神像，香爐一只，立炷靈香三支，及靈籤、藥籤，各一冊，還有紅綾一卷，上書五年干歲，十二值年尊姓暨聖誕，斯時馬龍山村民遂即邀同附近之昌南、新厝、芋頭、呂厝、同安、林珠寮等七庄居民共同前往草港迎歸馬龍山擇地建立草壇奉祀，時神曾鑾示曰：「吾神兄弟奉玉旨代天巡狩，主宰各年行使神事，查察四方，賞善罰惡、除暴安良，保民護國隨機顯化」，於是地方逢有疾病禱求皆即痊癒、六畜遇有瘴癘求以爐丹施治隨即立驗顯著靈效，逐漸瀰漫全省也。
敬考五年干歲之發祥史略係，（老君弟子康續部下十二巨人）。受玉皇上帝敕命為代天巡狩十二天王（大巡）主宰民間善惡，驅瘟除魔禳災植福司命，因此世人遇有年災月厄常以舉建祈安植福法會則需虔請十二天王（五年千歲）降臨法壇，主司法事掃除邪魔瘴癘冀保安寧，會畢為酬謝神恩則有雕製王（彩）船燒化或送進汪洋大海任其漂流表示送駕歸位之意，於是民間相傳習俗迄今猶在，嗣不知五年千歲自本宮在草港迎回王船立宮雕像奉祀即已顯示奉（天）命就地主吏神事享受民間香火，保護萬眾生靈，查察凡塵善惡依命行使隨時覆旨。